Morfeo le da a elegir a Neo la pastilla roja para que pueda volver a Matrix y poder ayudarlo en su lucha contra Smith pero Bugs le dice que el portal se está cerrando.
Neo intenta salvar a Trinity del Analista que intenta matar a Trinity para que Neo pueda salvar al Mundo una vez más.
Neo y sus nuevos compañeros hablan de cómo van a poder rescatar a Trinity de los centinelas que la tienen atrapada.
Neo y Trinity le dan las gracias al analista por resucitarlos a los dos porque así le han dado una segunda oportunidad para salvar a la humanidad.
Smith busca a a Neo para matarlo pero Neo escapa de la empresa y se va junto a Morfeo que lo ayuda en su huida.
Neo se encuentra con Merovingio en matrix y él reconoce a Neo y a sus compañeros que están junto a él y el agente Smith.